Søe-Lieutenant-Selskabet administrerer følgende fonde og legater:

• Willemoes Fonden
• Olfert Fischers Fond
• Søe-Lieutenant-Selskabets Fond
• Jubilæumsfonden
• Søe-Lieutenant-Selskabets fond til oplysning om forsvarssagen
• Det Kgl. Søe-Militaire Kaart-Archiv og Bibliotheks Selskabs Fond
• Kommandørkaptajn C. L. von Elbrechts Mindelegat
• Kaptajn Alf Trolle og Hustrus Legat
• Søe-Lieutenant Gregers Bøjesens Mindelegat
• Det Tegnerske Legat